OTAR3088/CeLLaTe-ner-2class-iob_final · Datasets at Hugging Face

data_source stringclasses 4 values	tokens listlengths 5 562	tags listlengths 5 562
Single_Cell	[ "before", "we", "carried", "out", "the", "benchmark", "##ing", ",", "we", "iteratively", "removed", "any", "cells", "from", "the", "dataset", "that", "had", "an", "identical", "latent", "representation", "to", "another", "cell", "in", "the", "dataset", "until"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "this", "procedure", "removed", "a", "total", "of", "3", ",", "293", "duplicate", "cells", "(", "0", ".", "002", "%", "of", "the", "whole", "dataset", ")", "and", "was", "required", "for", "the", "benchmark", "##ing", "algorithm", "to", "complete", "with...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "the", "snaps", "##eed", "level", "3", "annotation", "computed", "on", "the", "unint", "##eg", "##ra", "##ted", "pca", "embedding", "as", "ground", "-", "truth", "cell", "type", "labels", "in", "the", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "infer", "a", "global", "ordering", "of", "differentiation", "state", ",", "we", "sought", "to", "infer", "a", "real", "-", "time", "-", "informed", "pseudo", "##time", "on", "the", "basis", "of", "neural", "optimal", "transport", "in", "the", "scp",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "first", "grouped", "organ", "##oid", "age", "in", "days", "into", "seven", "bins", "(", "(", "0", ",", "15", "]", ",", "(", "15", ",", "30", "]", ",", "(", "30", ",", "60", "]", ",", "(", "60", ",", "90", "]", ",", "(", "90", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "next", ",", "we", "used", "mos", "##co", "##t", "to", "solve", "a", "temporal", "neural", "problem", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "score", "the", "marginal", "distributions", "on", "the", "basis", "of", "expected", "proliferation", "rates", ",", "we", "obtained", "proliferation", "and", "apoptosis", "scores", "for", "each", "cell", "with", "the", "method", "score", "_", "genes", "_...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "marginal", "weights", "were", "then", "computed", "with", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "(", "4", "(", "}", "-", "}", ")", ")", "$", "$", "exp", "(", "4", "×", "(", "prol", "##if", "_", "score", "−", "apoptosis", "_", "score", ")", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "optimal", "transport", "problem", "was", "solved", "using", "the", "following", "parameters", ":", "iterations", "=", "25", ",", "000", ",", "compute", "_", "was", "##ser", "##stein", "_", "baseline", "=", "false", ",", "batch", "_", "size", "=", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "to", "compute", "displacement", "vectors", "for", "each", "cell", "in", "age", "bin", "i", ",", "we", "used", "the", "subp", "##rob", "##le", "##m", "corresponding", "to", "the", "[", "i", ",", "i", "+", "1", "]", "transport", "map", ",", "except", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "displacement", "vectors", "were", "obtained", "by", "subtracting", "the", "original", "cell", "distribution", "from", "the", "transported", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "using", "the", "velocity", "kernel", "from", "cell", "##ran", "##k", "we", "computed", "a", "transition", "matrix", "from", "displacement", "vectors", "and", "used", "it", "as", "an", "input", "for", "computing", "diffusion", "maps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "ranks", "on", "negative", "diffusion", "component", "1", "were", "used", "as", "a", "pseudo", "##te", "##mp", "##oral", "ordering", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "cell", "range", "##r", "-", "processed", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "for", "the", "primary", "atlas", "were", "obtained", "from", "the", "link", "provided", "on", "its", "github", "page", "(", "https", ":", "/", "/", "storage", ".", "go...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "for", "further", "quality", "control", ",", "cells", "with", "fewer", "than", "300", "detected", "genes", "were", "filtered", "out", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "transcript", "counts", "were", "normalized", "by", "the", "total", "number", "of", "counts", "for", "that", "cell", ",", "multiplied", "by", "a", "scaling", "factor", "of", "10", ",", "000", "and", "subsequently", "natural", "-", "log", "transformed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "feature", "set", "was", "inters", "##ected", "with", "all", "genes", "detected", "in", "the", "organ", "##oid", "atlas", "and", "the", "2", ",", "000", "most", "highly", "variable", "genes", "were", "selected", "with", "the", "scan", "##py", "funct...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "an", "extra", "column", "of", "‘", "neuron", "_", "nt", "##t", "_", "label", "’", "was", "created", "to", "represent", "the", "automatic", "classified", "neural", "transmitter", "transporter", "subtype", "labels", "derived", "from", "the", "‘", "autoan", "#...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "to", "compare", "our", "organ", "##oid", "atlas", "with", "data", "from", "the", "primary", "developing", "human", "brain", ",", "we", "used", "scarc", "##hes", "to", "project", "it", "to", "the", "above", "mentioned", "primary", "human", "brain", "scr", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "first", "pret", "##ra", "##ined", "a", "sc", "##vi", "model", "on", "the", "primary", "atlas", "with", "‘", "donor", "’", "as", "the", "batch", "key", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "model", "was", "constructed", "with", "following", "parameters", ":", "n", "_", "latent", "=", "20", ",", "n", "_", "layers", "=", "2", ",", "n", "_", "hidden", "=", "256", ",", "use", "_", "layer", "_", "norm", "=", "‘", "both", "’", ","...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "next", ",", "the", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "scan", "##vi", "using", "‘", "subreg", "##ion", "’", "and", "‘", "cell", "##class", "’", "as", "cell", "type", "labels", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "to", "project", "the", "organoids", "atlas", "to", "the", "primary", "atlas", ",", "we", "used", "the", "scarc", "##hes", "implementation", "provided", "by", "sc", "##vi", "-", "tools", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "query", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "of", "100", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "and", "weight", "_", "decay", "=", "0", ".", "0", "." ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "with", "the", "primary", "reference", "and", "query", "(", "hn", "##oca", ")", "data", "projected", "to", "the", "same", "latent", "space", ",", "an", "unweighted", "bip", "##artite", "kn", "##n", "graph", "was", "constructed", "by", "identifying", "100", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "similarly", ",", "a", "reference", "kn", "##n", "graph", "was", "also", "built", "by", "identifying", "100", "nearest", "neighbour", "##s", "of", "each", "reference", "cell", "in", "the", "reference", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "each", "edge", "in", "the", "reference", "-", "query", "bip", "##artite", "graph", ",", "the", "similarity", "between", "the", "reference", "neighbour", "##s", "of", "the", "two", "linked", "cells", ",", "defined", "as", "a", "and", "b", ",", "re...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "the", "square", "of", "jaccard", "index", "was", "then", "assigned", "as", "the", "weight", "of", "the", "edge", ",", "to", "get", "the", "bip", "##artite", "weighted", "kn", "##n", "graph", "between", "the", "reference", "and", "query", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "given", "the", "wk", "##nn", "estimated", "between", "primary", "reference", "and", "query", "(", "hn", "##oca", ")", ",", "any", "categorical", "metadata", "label", "of", "reference", "can", "be", "transferred", "to", "query", "cells", "by", "means", "of",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "brief", ",", "for", "each", "category", ",", "its", "support", "was", "calculated", "for", "each", "query", "cell", "as", "the", "sum", "of", "weights", "of", "edges", "that", "link", "to", "reference", "cells", "in", "this", "category", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "category", "with", "the", "largest", "support", "was", "assigned", "to", "the", "query", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "get", "the", "final", "regional", "labels", "for", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", ",", "as", "well", "as", "the", "nt", "##t", "labels", "for", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "constraints", "wer...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", ...
Single_Cell	[ "for", "regional", "labels", ",", "only", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "regions", ",", "namely", "dien", "cephal", "##on", ",", "hypothalamus", ",", "thalamus", ",", "midbrain", ",", "midbrain", "dorsal", ",", "midbrain", "ventral", ",", "hindbrai...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-C...
Single_Cell	[ "the", "label", "-", "transfer", "procedure", "was", "only", "applied", "to", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "before", "any", "majority", "vo", "##ting", "was", "done", ",", "the", "support", "scores", "of", "each", "valid", "category", "across", "all", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "were", "smoothed", "with", "a"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
Single_Cell	[ "next", ",", "a", "hierarchical", "label", "transfer", ",", "which", "takes", "into", "account", "the", "structure", "hierarchy", ",", "was", "applied", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "first", ",", "the", "considered", "regions", "were", "grouped", "into", "dien", "cephal", "##on", ",", "midbrain", "and", "hindbrain", ",", "with", "a", "support", "score", "of", "each", "structure", "as", "its", "score", "summed", "up", "with", "scores", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "assign", "each", "cell", "to", "one", "of", "the", "three", "structures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "next", ",", "a", "second", "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "only", "consider", "the", "substruct", "##ures", "under", "the", "assigned", "structure", "(", "for", "example", ",", "hypothalamus", "and", "thalamus", "for", "dien", "cephal", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "nt", "##t", "labels", ",", "we", "first", "identified", "valid", "region", "-", "nt", "##t", "label", "pairs", "in", "the", "reference", "on", "the", "basis", "of", "the", "provided", "nt", "##t", "labels", "in", "the", "reference", "neuroblast", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "here", ",", "the", "most", "common", "regions", "were", "re", "-", "estimated", "in", "a", "hierarchical", "manner", "to", "the", "fine", "##st", "resolution", "mentioned", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "next", ",", "when", "transferring", "nt", "##t", "labels", ",", "for", "each", "non", "-", "telencephal", "ic", "neuron", "with", "the", "regional", "label", "transferred", ",", "only", "nt", "##t", "labels", "that", "were", "considered", "valid", "for", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
Single_Cell	[ "to", "match", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "to", "developmental", "stages", ",", "we", "used", "the", "recently", "published", "human", "neocortical", "development", "atlas", "as", "the", "reference", "." ]	[ "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "processed", "single", "nucleus", "rna", "-", "seq", "data", "were", "obtained", "from", "its", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "cell", ".", "ucs", "##f", ".", "edu", "/", "sn", "##mu", "##lt", "##io", "##me", "/", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "given", "the", "‘", "class", "’", ",", "‘", "subclass", "’", "and", "‘", "type", "’", "labels", "in", "the", "provided", "metadata", "as", "annotations", ",", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "next", ",", "data", "representing", "different", "developmental", "stages", "were", "split", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "each", "stage", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "based", "on", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "(", "resolution", ",", "5", ")", "was", "applied", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "clusters", "of", "all", "stages", "were", "pooled", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "on", "the", "basis", "of", "coefficient", "of", "variations", "as", "described", "in", "this", "page", ":", "https", ":", "/", "/", "pk",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "finally", ",", "every", "one", "of", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "were", "correlated", "to", "each", "cluster", "across", "the", "identified", "highly", "variable", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "stage", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "cluster", "was", "assigned", "to", "the", "query", "hn", "##oca", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "extend", "the", "analysis", "to", "other", "neuronal", "cell", "types", ",", "the", "second", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "was", "also", "introduced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "processed", "count", "matrices", "and", "metadata", "were", "obtained", "from", "the", "nem", "##o", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "data", ".", "nem", "##oar", "##chi", "##ve", ".", "org", "/", "bic", "##cn", "/", "grant", "/",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "given", "the", "‘", "cell", "_", "type", "’", "label", "of", "the", "provided", "metadata", "as", "the", "annotation", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "run", "for", "label", "-", "aware", "data...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "was", "applied", "to", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "to", "identify", "clusters", "(", "resolution", ",", "20", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "similarly", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "with", "a", "resolution", "of", "20", "was", "also", "applied", "to", "the", "first", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "on", "the", "basis", "of", "the", "scan",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "average", "expression", "profiles", "were", "calculated", "for", "all", "the", "clusters", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "using", "the", "same", "procedure", "as", "above", "for", "clusters", "of", "the", "two", "primary", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "next", ",", "every", "npc", "and", "neuron", "in", "hn", "##oca", "was", "correlated", "to", "the", "average", "expression", "profiles", "of", "those", "clusters", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "best", "-", "correlated", "first", "-", "and", "second", "-", "trimester", "clusters", ",", "as", "well", "as", "the", "correlations", ",", "were", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "differences", "between", "the", "two", "correlations", "were", "used", "as", "the", "metrics", "to", "indicate", "the", "stage", "-", "matching", "preferences", "of", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "given", "a", "reference", "dataset", "and", "a", "query", "dataset", ",", "the", "presence", "score", "is", "a", "score", "assigned", "to", "each", "cell", "in", "the", "reference", ",", "which", "describes", "the", "frequency", "or", "likelihood", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "this", "study", ",", "we", "calculated", "the", "presence", "scores", "of", "primary", "atlas", "cells", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "to", "quantify", "how", "frequently", "we", "saw", "a", "cell", "type", "or", "state", "represented", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "specifically", ",", "for", "each", "hn", "##oca", "dataset", ",", "we", "first", "subset", "the", "wk", "##nn", "graph", "to", "only", "hn", "##oca", "cells", "in", "that", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "next", ",", "the", "raw", "weighted", "degree", "was", "calculated", "for", "each", "cell", "in", "the", "primary", "atlas", ",", "as", "the", "sum", "of", "weights", "of", "the", "remaining", "edges", "linked", "to", "the", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "a", "random", "-", "walk", "-", "with", "-", "resta", "##rt", "procedure", "was", "then", "applied", "to", "smooth", "the", "raw", "scores", "across", "the", "kn", "##n", "graph", "of", "the", "primary", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "in", "brief", ",", "we", "first", "represented", "the", "primary", "atlas", "kn", "##n", "graph", "as", "its", "adj", "##ace", "##nc", "##y", "matrix", "(", "a", ")", ",", "followed", "by", "row", "normalization", "to", "convert", "it", "into", "a", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "with", "the", "raw", "scores", "represented", "as", "a", "vector", "s", "0", ",", "in", "each", "iteration", "t", ",", "we", "generated", "s", "t", "as", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "_", "=", "}", "}", "_", "+", "(", "1", "-", ")", "^"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "this", "procedure", "was", "performed", "100", "times", "to", "get", "the", "smooth", "presence", "scores", "that", "were", "subsequently", "log", "transformed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "scores", "lower", "than", "the", "5th", "percentile", "or", "higher", "than", "the", "95th", "percentile", "were", "trimmed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "trimmed", "scores", "were", "normalized", "into", "the", "range", "of", "as", "the", "final", "presence", "scores", "in", "the", "hn", "##oca", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "given", "the", "final", "presence", "scores", "in", "each", "of", "the", "hn", "##oca", "datasets", ",", "the", "max", "presence", "scores", "in", "the", "whole", "hn", "##oca", "data", "were", "then", "easily", "calculated", "as", "the", "maximum", "of",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "a", "large", "(", "close", "to", "one", ")", "max", "presence", "score", "indicates", "a", "high", "frequency", "of", "appearance", "for", "the", "cell", "type", "or", "state", "in", "at", "least", "one", "hn", "##oca", "dataset", "whereas", "a", "small...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "to", "test", "the", "cell", "type", "compositional", "changes", "on", "admission", "of", "certain", "morph", "##ogens", "from", "different", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", ",", "we", "used", "the", "pert", "##py", "implementation", "of", "the...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "scc", "##oda", "is", "a", "bayesian", "model", "for", "detecting", "compositional", "changes", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "this", ",", "we", "have", "extracted", "the", "information", "about", "the", "added", "morph", "##ogens", "from", "each", "differentiation", "protocol", "and", "grouped", "them", "into", "15", "broad", "molecule", "groups", "on", "the", "basis", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "these", "molecule", "groups", "were", "used", "as", "a", "covariate", "in", "the", "model", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "region", "labels", "transferred", "from", "the", "primary", "atlas", "were", "used", "as", "labels", "in", "the", "analysis", "(", "cell", "_", "type", "_", "identifier", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "cell", "types", "without", "regional", "identity", ",", "the", "cell", "type", "labels", "presented", "in", "fig", ".", "1c", "were", "used", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "pluripotent", "stem", "cells", "and", "neuro", "##epith", "##elium", "cells", "were", "removed", "from", "the", "analysis", "because", "they", "are", "mainly", "present", "in", "the", "early", "organ", "##oid", "stages", "." ]	[ "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "bio", "_", "sample", "as", "the", "sample", "_", "identifier", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "ran", "scc", "##oda", "sequentially", "with", "default", "parameters", ",", "using", "no", "-", "u", "-", "turn", "sampling", "(", "run", "_", "nut", "##s", "function", ")", "and", "selecting", "each", "cell", "type", "once", "as", "a", "reference...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "used", "a", "majority", "vo", "##te", "-", "based", "system", "to", "find", "the", "cell", "types", "that", "were", "cred", "##ibly", "changing", "in", "more", "than", "half", "of", "the", "iterations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "complement", "the", "composition", "analysis", "conducted", "with", "scc", "##oda", ",", "we", "devised", "an", "alternative", "approach", "to", "test", "for", "differential", "composition", "using", "regular", "##ized", "linear", "regression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "fit", "a", "generalized", "linear", "model", "with", "the", "region", "composition", "matrix", "as", "the", "response", "y", "and", "molecule", "usage", "as", "independent", "variables", "x", ":", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "y", "x", "}", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
Single_Cell	[ "the", "model", "was", "fit", "with", "lasso", "regularization", "(", "alpha", "=", "1", ")", "using", "gaussian", "noise", "and", "an", "identity", "link", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "the", "regularization", "parameter", "lambda", "was", "automatically", "determined", "through", "cross", "-", "validation", "as", "implemented", "in", "the", "function", "cv", ".", "glm", "##net", "(", ")", "from", "the", "glm", "##net", "r", "package", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "all", "non", "-", "zero", "coefficients", "β", "were", "considered", "as", "indications", "of", "enrichment", "and", "depletion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "study", "the", "transcriptomic", "differences", "between", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", ",", "we", "subset", "hn", "##oca", "using", "the", "final", "level", "1", "annotation", "to", "cells", "labelled", "‘", "neuron", "’", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "furthermore", "subset", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "to", "cells", "that", "had", "been", "assigned", "a", "valid", "label", "in", "the", "neuron", "_", "nt", "##t", "_", "label", "annotation", "column", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "added", "an", "extra", "two", "datasets", "of", "fetal", "cortical", "cells", "from", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "the", "data", "from", "ref", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "subset", "the", "data", "to", "cells", "labelled", "‘", "fetal", "’", "and", "estimated", "transcripts", "per", "million", "reads", "for", "each", "gene", "in", "each", "cell", "using", "rs", "##em", "given", "the", "star", "mapping", "results", "."...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "then", "computed", "a", "pca", ",", "a", "kn", "##n", "graph", ",", "um", "##ap", "and", "lei", "##den", "clustering", "(", "resolution", "0", ".", "2", ")", "using", "scan", "##py", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "then", "selected", "the", "cluster", "with", "the", "highest", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "expression", "as", "the", "cortical", "neuron", "cluster", "and", "used", "only", "those", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "for", "the", "data", "from", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "subset", "the", "datasets", "to", "cells", "annotate", "d", "as", "‘", "neuronal", "’", "in", "supplementary", "table", "5", "(", "‘", "cortex", "annotations", "’", ")", "of", "their", "publication", "and", "computed", "a", "pca", ",", "neighbourhoo...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "found", "that", "only", "samples", "from", "the", "individuals", "cs", "##14", "_", "3", ",", "cs", "##20", ",", "cs", "##22", "and", "cs", "##20", "contained", "detectable", "expression", "of", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "so", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "to", "compute", "de", "between", "hn", "##oca", "cells", "and", "their", "primary", "counterparts", ",", "we", "first", "aggregated", "cells", "of", "the", "same", "regional", "neural", "cell", "type", "into", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "by"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
Single_Cell	[ "and", "‘", "individual", "’", "for", "ref", ".", ")" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "using", "the", "python", "implementation", "of", "decou", "##pler", "(", "v", ".", "1", ".", "4", ".", "0", ")", "while", "disc", "##arding", "any", "samples", "with", "fewer", "than", "ten", "cells", "or", "1", ",", "000", "total", "counts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
Single_Cell	[ "we", "then", "subset", "##ted", "the", "feature", "space", "to", "the", "intersection", "of", "features", "of", "all", "datasets", "and", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "before", "we", "carried", "out", "the", "benchmark", "##ing", ",", "we", "iteratively", "removed", "any", "cells", "from", "the", "dataset", "that", "had", "an", "identical", "latent", "representation", "to", "another", "cell", "in", "the", "dataset", "until"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "this", "procedure", "removed", "a", "total", "of", "3", ",", "293", "duplicate", "cells", "(", "0", ".", "002", "%", "of", "the", "whole", "dataset", ")", "and", "was", "required", "for", "the", "benchmark", "##ing", "algorithm", "to", "complete", "with...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "the", "snaps", "##eed", "level", "3", "annotation", "computed", "on", "the", "unint", "##eg", "##ra", "##ted", "pca", "embedding", "as", "ground", "-", "truth", "cell", "type", "labels", "in", "the", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "infer", "a", "global", "ordering", "of", "differentiation", "state", ",", "we", "sought", "to", "infer", "a", "real", "-", "time", "-", "informed", "pseudo", "##time", "on", "the", "basis", "of", "neural", "optimal", "transport", "in", "the", "scp",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "first", "grouped", "organ", "##oid", "age", "in", "days", "into", "seven", "bins", "(", "(", "0", ",", "15", "]", ",", "(", "15", ",", "30", "]", ",", "(", "30", ",", "60", "]", ",", "(", "60", ",", "90", "]", ",", "(", "90", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "next", ",", "we", "used", "mos", "##co", "##t", "to", "solve", "a", "temporal", "neural", "problem", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "score", "the", "marginal", "distributions", "on", "the", "basis", "of", "expected", "proliferation", "rates", ",", "we", "obtained", "proliferation", "and", "apoptosis", "scores", "for", "each", "cell", "with", "the", "method", "score", "_", "genes", "_...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "marginal", "weights", "were", "then", "computed", "with", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "(", "4", "(", "}", "-", "}", ")", ")", "$", "$", "exp", "(", "4", "×", "(", "prol", "##if", "_", "score", "−", "apoptosis", "_", "score", ")", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "optimal", "transport", "problem", "was", "solved", "using", "the", "following", "parameters", ":", "iterations", "=", "25", ",", "000", ",", "compute", "_", "was", "##ser", "##stein", "_", "baseline", "=", "false", ",", "batch", "_", "size", "=", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "to", "compute", "displacement", "vectors", "for", "each", "cell", "in", "age", "bin", "i", ",", "we", "used", "the", "subp", "##rob", "##le", "##m", "corresponding", "to", "the", "[", "i", ",", "i", "+", "1", "]", "transport", "map", ",", "except", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "displacement", "vectors", "were", "obtained", "by", "subtracting", "the", "original", "cell", "distribution", "from", "the", "transported", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "using", "the", "velocity", "kernel", "from", "cell", "##ran", "##k", "we", "computed", "a", "transition", "matrix", "from", "displacement", "vectors", "and", "used", "it", "as", "an", "input", "for", "computing", "diffusion", "maps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "ranks", "on", "negative", "diffusion", "component", "1", "were", "used", "as", "a", "pseudo", "##te", "##mp", "##oral", "ordering", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "cell", "range", "##r", "-", "processed", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "for", "the", "primary", "atlas", "were", "obtained", "from", "the", "link", "provided", "on", "its", "github", "page", "(", "https", ":", "/", "/", "storage", ".", "go...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "for", "further", "quality", "control", ",", "cells", "with", "fewer", "than", "300", "detected", "genes", "were", "filtered", "out", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "transcript", "counts", "were", "normalized", "by", "the", "total", "number", "of", "counts", "for", "that", "cell", ",", "multiplied", "by", "a", "scaling", "factor", "of", "10", ",", "000", "and", "subsequently", "natural", "-", "log", "transformed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "feature", "set", "was", "inters", "##ected", "with", "all", "genes", "detected", "in", "the", "organ", "##oid", "atlas", "and", "the", "2", ",", "000", "most", "highly", "variable", "genes", "were", "selected", "with", "the", "scan", "##py", "funct...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "an", "extra", "column", "of", "‘", "neuron", "_", "nt", "##t", "_", "label", "’", "was", "created", "to", "represent", "the", "automatic", "classified", "neural", "transmitter", "transporter", "subtype", "labels", "derived", "from", "the", "‘", "autoan", "#...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "to", "compare", "our", "organ", "##oid", "atlas", "with", "data", "from", "the", "primary", "developing", "human", "brain", ",", "we", "used", "scarc", "##hes", "to", "project", "it", "to", "the", "above", "mentioned", "primary", "human", "brain", "scr", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "first", "pret", "##ra", "##ined", "a", "sc", "##vi", "model", "on", "the", "primary", "atlas", "with", "‘", "donor", "’", "as", "the", "batch", "key", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "model", "was", "constructed", "with", "following", "parameters", ":", "n", "_", "latent", "=", "20", ",", "n", "_", "layers", "=", "2", ",", "n", "_", "hidden", "=", "256", ",", "use", "_", "layer", "_", "norm", "=", "‘", "both", "’", ","...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "next", ",", "the", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "scan", "##vi", "using", "‘", "subreg", "##ion", "’", "and", "‘", "cell", "##class", "’", "as", "cell", "type", "labels", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "to", "project", "the", "organoids", "atlas", "to", "the", "primary", "atlas", ",", "we", "used", "the", "scarc", "##hes", "implementation", "provided", "by", "sc", "##vi", "-", "tools", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "query", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "of", "100", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "and", "weight", "_", "decay", "=", "0", ".", "0", "." ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "with", "the", "primary", "reference", "and", "query", "(", "hn", "##oca", ")", "data", "projected", "to", "the", "same", "latent", "space", ",", "an", "unweighted", "bip", "##artite", "kn", "##n", "graph", "was", "constructed", "by", "identifying", "100", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "similarly", ",", "a", "reference", "kn", "##n", "graph", "was", "also", "built", "by", "identifying", "100", "nearest", "neighbour", "##s", "of", "each", "reference", "cell", "in", "the", "reference", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "each", "edge", "in", "the", "reference", "-", "query", "bip", "##artite", "graph", ",", "the", "similarity", "between", "the", "reference", "neighbour", "##s", "of", "the", "two", "linked", "cells", ",", "defined", "as", "a", "and", "b", ",", "re...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "the", "square", "of", "jaccard", "index", "was", "then", "assigned", "as", "the", "weight", "of", "the", "edge", ",", "to", "get", "the", "bip", "##artite", "weighted", "kn", "##n", "graph", "between", "the", "reference", "and", "query", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "given", "the", "wk", "##nn", "estimated", "between", "primary", "reference", "and", "query", "(", "hn", "##oca", ")", ",", "any", "categorical", "metadata", "label", "of", "reference", "can", "be", "transferred", "to", "query", "cells", "by", "means", "of",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "brief", ",", "for", "each", "category", ",", "its", "support", "was", "calculated", "for", "each", "query", "cell", "as", "the", "sum", "of", "weights", "of", "edges", "that", "link", "to", "reference", "cells", "in", "this", "category", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "category", "with", "the", "largest", "support", "was", "assigned", "to", "the", "query", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "get", "the", "final", "regional", "labels", "for", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", ",", "as", "well", "as", "the", "nt", "##t", "labels", "for", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "constraints", "wer...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", ...

Single_Cell

[ "for", "regional", "labels", ",", "only", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "regions", ",", "namely", "dien", "cephal", "##on", ",", "hypothalamus", ",", "thalamus", ",", "midbrain", ",", "midbrain", "dorsal", ",", "midbrain", "ventral", ",", "hindbrai...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-C...

Single_Cell

[ "the", "label", "-", "transfer", "procedure", "was", "only", "applied", "to", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "before", "any", "majority", "vo", "##ting", "was", "done", ",", "the", "support", "scores", "of", "each", "valid", "category", "across", "all", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "were", "smoothed", "with", "a"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

Single_Cell

[ "next", ",", "a", "hierarchical", "label", "transfer", ",", "which", "takes", "into", "account", "the", "structure", "hierarchy", ",", "was", "applied", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "first", ",", "the", "considered", "regions", "were", "grouped", "into", "dien", "cephal", "##on", ",", "midbrain", "and", "hindbrain", ",", "with", "a", "support", "score", "of", "each", "structure", "as", "its", "score", "summed", "up", "with", "scores", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "assign", "each", "cell", "to", "one", "of", "the", "three", "structures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "next", ",", "a", "second", "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "only", "consider", "the", "substruct", "##ures", "under", "the", "assigned", "structure", "(", "for", "example", ",", "hypothalamus", "and", "thalamus", "for", "dien", "cephal", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "nt", "##t", "labels", ",", "we", "first", "identified", "valid", "region", "-", "nt", "##t", "label", "pairs", "in", "the", "reference", "on", "the", "basis", "of", "the", "provided", "nt", "##t", "labels", "in", "the", "reference", "neuroblast", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "here", ",", "the", "most", "common", "regions", "were", "re", "-", "estimated", "in", "a", "hierarchical", "manner", "to", "the", "fine", "##st", "resolution", "mentioned", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "next", ",", "when", "transferring", "nt", "##t", "labels", ",", "for", "each", "non", "-", "telencephal", "ic", "neuron", "with", "the", "regional", "label", "transferred", ",", "only", "nt", "##t", "labels", "that", "were", "considered", "valid", "for", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

Single_Cell

[ "to", "match", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "to", "developmental", "stages", ",", "we", "used", "the", "recently", "published", "human", "neocortical", "development", "atlas", "as", "the", "reference", "." ]

[ "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "processed", "single", "nucleus", "rna", "-", "seq", "data", "were", "obtained", "from", "its", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "cell", ".", "ucs", "##f", ".", "edu", "/", "sn", "##mu", "##lt", "##io", "##me", "/", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "given", "the", "‘", "class", "’", ",", "‘", "subclass", "’", "and", "‘", "type", "’", "labels", "in", "the", "provided", "metadata", "as", "annotations", ",", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "next", ",", "data", "representing", "different", "developmental", "stages", "were", "split", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "each", "stage", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "based", "on", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "(", "resolution", ",", "5", ")", "was", "applied", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "clusters", "of", "all", "stages", "were", "pooled", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "on", "the", "basis", "of", "coefficient", "of", "variations", "as", "described", "in", "this", "page", ":", "https", ":", "/", "/", "pk",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "finally", ",", "every", "one", "of", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "were", "correlated", "to", "each", "cluster", "across", "the", "identified", "highly", "variable", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "stage", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "cluster", "was", "assigned", "to", "the", "query", "hn", "##oca", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "extend", "the", "analysis", "to", "other", "neuronal", "cell", "types", ",", "the", "second", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "was", "also", "introduced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "processed", "count", "matrices", "and", "metadata", "were", "obtained", "from", "the", "nem", "##o", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "data", ".", "nem", "##oar", "##chi", "##ve", ".", "org", "/", "bic", "##cn", "/", "grant", "/",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "given", "the", "‘", "cell", "_", "type", "’", "label", "of", "the", "provided", "metadata", "as", "the", "annotation", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "run", "for", "label", "-", "aware", "data...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "was", "applied", "to", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "to", "identify", "clusters", "(", "resolution", ",", "20", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "similarly", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "with", "a", "resolution", "of", "20", "was", "also", "applied", "to", "the", "first", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "on", "the", "basis", "of", "the", "scan",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "average", "expression", "profiles", "were", "calculated", "for", "all", "the", "clusters", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "using", "the", "same", "procedure", "as", "above", "for", "clusters", "of", "the", "two", "primary", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "next", ",", "every", "npc", "and", "neuron", "in", "hn", "##oca", "was", "correlated", "to", "the", "average", "expression", "profiles", "of", "those", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "best", "-", "correlated", "first", "-", "and", "second", "-", "trimester", "clusters", ",", "as", "well", "as", "the", "correlations", ",", "were", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "differences", "between", "the", "two", "correlations", "were", "used", "as", "the", "metrics", "to", "indicate", "the", "stage", "-", "matching", "preferences", "of", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "given", "a", "reference", "dataset", "and", "a", "query", "dataset", ",", "the", "presence", "score", "is", "a", "score", "assigned", "to", "each", "cell", "in", "the", "reference", ",", "which", "describes", "the", "frequency", "or", "likelihood", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "this", "study", ",", "we", "calculated", "the", "presence", "scores", "of", "primary", "atlas", "cells", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "to", "quantify", "how", "frequently", "we", "saw", "a", "cell", "type", "or", "state", "represented", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "specifically", ",", "for", "each", "hn", "##oca", "dataset", ",", "we", "first", "subset", "the", "wk", "##nn", "graph", "to", "only", "hn", "##oca", "cells", "in", "that", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "next", ",", "the", "raw", "weighted", "degree", "was", "calculated", "for", "each", "cell", "in", "the", "primary", "atlas", ",", "as", "the", "sum", "of", "weights", "of", "the", "remaining", "edges", "linked", "to", "the", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "a", "random", "-", "walk", "-", "with", "-", "resta", "##rt", "procedure", "was", "then", "applied", "to", "smooth", "the", "raw", "scores", "across", "the", "kn", "##n", "graph", "of", "the", "primary", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "in", "brief", ",", "we", "first", "represented", "the", "primary", "atlas", "kn", "##n", "graph", "as", "its", "adj", "##ace", "##nc", "##y", "matrix", "(", "a", ")", ",", "followed", "by", "row", "normalization", "to", "convert", "it", "into", "a", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "with", "the", "raw", "scores", "represented", "as", "a", "vector", "s", "0", ",", "in", "each", "iteration", "t", ",", "we", "generated", "s", "t", "as", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "_", "=", "}", "}", "_", "+", "(", "1", "-", ")", "^"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "this", "procedure", "was", "performed", "100", "times", "to", "get", "the", "smooth", "presence", "scores", "that", "were", "subsequently", "log", "transformed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "scores", "lower", "than", "the", "5th", "percentile", "or", "higher", "than", "the", "95th", "percentile", "were", "trimmed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "trimmed", "scores", "were", "normalized", "into", "the", "range", "of", "as", "the", "final", "presence", "scores", "in", "the", "hn", "##oca", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "given", "the", "final", "presence", "scores", "in", "each", "of", "the", "hn", "##oca", "datasets", ",", "the", "max", "presence", "scores", "in", "the", "whole", "hn", "##oca", "data", "were", "then", "easily", "calculated", "as", "the", "maximum", "of",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "a", "large", "(", "close", "to", "one", ")", "max", "presence", "score", "indicates", "a", "high", "frequency", "of", "appearance", "for", "the", "cell", "type", "or", "state", "in", "at", "least", "one", "hn", "##oca", "dataset", "whereas", "a", "small...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "to", "test", "the", "cell", "type", "compositional", "changes", "on", "admission", "of", "certain", "morph", "##ogens", "from", "different", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", ",", "we", "used", "the", "pert", "##py", "implementation", "of", "the...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "scc", "##oda", "is", "a", "bayesian", "model", "for", "detecting", "compositional", "changes", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "this", ",", "we", "have", "extracted", "the", "information", "about", "the", "added", "morph", "##ogens", "from", "each", "differentiation", "protocol", "and", "grouped", "them", "into", "15", "broad", "molecule", "groups", "on", "the", "basis", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "these", "molecule", "groups", "were", "used", "as", "a", "covariate", "in", "the", "model", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "region", "labels", "transferred", "from", "the", "primary", "atlas", "were", "used", "as", "labels", "in", "the", "analysis", "(", "cell", "_", "type", "_", "identifier", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "cell", "types", "without", "regional", "identity", ",", "the", "cell", "type", "labels", "presented", "in", "fig", ".", "1c", "were", "used", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "pluripotent", "stem", "cells", "and", "neuro", "##epith", "##elium", "cells", "were", "removed", "from", "the", "analysis", "because", "they", "are", "mainly", "present", "in", "the", "early", "organ", "##oid", "stages", "." ]

[ "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "bio", "_", "sample", "as", "the", "sample", "_", "identifier", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "ran", "scc", "##oda", "sequentially", "with", "default", "parameters", ",", "using", "no", "-", "u", "-", "turn", "sampling", "(", "run", "_", "nut", "##s", "function", ")", "and", "selecting", "each", "cell", "type", "once", "as", "a", "reference...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "used", "a", "majority", "vo", "##te", "-", "based", "system", "to", "find", "the", "cell", "types", "that", "were", "cred", "##ibly", "changing", "in", "more", "than", "half", "of", "the", "iterations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "complement", "the", "composition", "analysis", "conducted", "with", "scc", "##oda", ",", "we", "devised", "an", "alternative", "approach", "to", "test", "for", "differential", "composition", "using", "regular", "##ized", "linear", "regression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "fit", "a", "generalized", "linear", "model", "with", "the", "region", "composition", "matrix", "as", "the", "response", "y", "and", "molecule", "usage", "as", "independent", "variables", "x", ":", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "y", "x", "}", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

Single_Cell

[ "the", "model", "was", "fit", "with", "lasso", "regularization", "(", "alpha", "=", "1", ")", "using", "gaussian", "noise", "and", "an", "identity", "link", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "the", "regularization", "parameter", "lambda", "was", "automatically", "determined", "through", "cross", "-", "validation", "as", "implemented", "in", "the", "function", "cv", ".", "glm", "##net", "(", ")", "from", "the", "glm", "##net", "r", "package", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "all", "non", "-", "zero", "coefficients", "β", "were", "considered", "as", "indications", "of", "enrichment", "and", "depletion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "study", "the", "transcriptomic", "differences", "between", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", ",", "we", "subset", "hn", "##oca", "using", "the", "final", "level", "1", "annotation", "to", "cells", "labelled", "‘", "neuron", "’", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "furthermore", "subset", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "to", "cells", "that", "had", "been", "assigned", "a", "valid", "label", "in", "the", "neuron", "_", "nt", "##t", "_", "label", "annotation", "column", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "added", "an", "extra", "two", "datasets", "of", "fetal", "cortical", "cells", "from", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "the", "data", "from", "ref", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "subset", "the", "data", "to", "cells", "labelled", "‘", "fetal", "’", "and", "estimated", "transcripts", "per", "million", "reads", "for", "each", "gene", "in", "each", "cell", "using", "rs", "##em", "given", "the", "star", "mapping", "results", "."...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "then", "computed", "a", "pca", ",", "a", "kn", "##n", "graph", ",", "um", "##ap", "and", "lei", "##den", "clustering", "(", "resolution", "0", ".", "2", ")", "using", "scan", "##py", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "then", "selected", "the", "cluster", "with", "the", "highest", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "expression", "as", "the", "cortical", "neuron", "cluster", "and", "used", "only", "those", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "for", "the", "data", "from", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "subset", "the", "datasets", "to", "cells", "annotate", "d", "as", "‘", "neuronal", "’", "in", "supplementary", "table", "5", "(", "‘", "cortex", "annotations", "’", ")", "of", "their", "publication", "and", "computed", "a", "pca", ",", "neighbourhoo...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "found", "that", "only", "samples", "from", "the", "individuals", "cs", "##14", "_", "3", ",", "cs", "##20", ",", "cs", "##22", "and", "cs", "##20", "contained", "detectable", "expression", "of", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "so", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "to", "compute", "de", "between", "hn", "##oca", "cells", "and", "their", "primary", "counterparts", ",", "we", "first", "aggregated", "cells", "of", "the", "same", "regional", "neural", "cell", "type", "into", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "by"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "I-Cell_Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

Single_Cell

[ "and", "‘", "individual", "’", "for", "ref", ".", ")" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "using", "the", "python", "implementation", "of", "decou", "##pler", "(", "v", ".", "1", ".", "4", ".", "0", ")", "while", "disc", "##arding", "any", "samples", "with", "fewer", "than", "ten", "cells", "or", "1", ",", "000", "total", "counts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Single_Cell

[ "we", "then", "subset", "##ted", "the", "feature", "space", "to", "the", "intersection", "of", "features", "of", "all", "datasets", "and", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]